南二期校地位於南校區一期西側約6.4公頃土地，為新竹市第一公墓(已禁葬)，配合清華擴校用地需求，以及促進空間活化利用，民國95年經新竹市都市計畫用地變更，由墳墓用地變更為文大用地。本校接續完成南二期校地開發計畫，延續南校區一期空間配置構想，規劃學生宿舍、運動場、學人宿舍、戶外休憩空間、停車場等長期發展藍圖，以期解決教學研究與生活空間不足之問題，並同時滿足師生之生活與運動休閒機能。
      本校與新竹教育大學於105年11月1日正式合併，二校合併後，面臨現有校本部教學、研究空間及住宿空間不足問題。為利校務發展，積極進行南二期校地取得相關行政作業， 108年 4月取得南二期校地土地管理權，預計 110年開始進行地上物、墳墓清理工作，儘速完成校地開發，除了提供清華師生一個安全、美觀、舒適的教學、研究及生活環境之外，由於南二期校地緊臨素有北臺灣第二個陽明山的十八尖山寶山路入口，未來校地開發完成，將於十八尖山形成綠帶的連結，透過整體環境改造，聯結鄰近著名景點—高峰植物園、古奇峰風景區等，打造成為都會型大型自然公園，極具景觀、生態、教育價值，並可供周邊社區居民日常生活休憩使用，提高土地利用率及市容景觀。